En 1982 entró en crisis cuando un falso anuncio de suspensión de pagos provocó la salida del 38% de los depósitos de la mayor parte de entidades financieras catalanas. Los primeros intentos de solución fracasaron, y como uno de los directivos de los años setenta fue el entonces presidente de la Generalidad de Cataluña, Jordi Pujol i Soley, el caso cobró connotaciones políticas. El Banco de España nombró tres administradores en noviembre de 1982 que detectaron un fuerte desequilibrio patrimonial y que promovieron la reducción del capital y una fuerte ampliación para revitalizar la entidad en noviembre de 1982. La ampliación fue cubierta por el Fondo de garantía de depósitos (España).
En 1983 el grupo fue traspasado a un consorcio formado por toda la gran banca española, de manera que en 1984 el Banco de Vizcaya se hizo con el 89% de las acciones de Banca Catalana y con el control del Banco Industrial del Mediterráneo, Banco de Barcelona y el Banco Industrial de Cataluña. En mayo de 1984 Jordi Pujol fue incluido en la querella presentada por la Fiscalía General del Estado, dirigida por Carlos Jiménez Villarejo, contra los exdirectivos de la entidad, y fue objeto también de duros ataques en los artículos de Alfonso Quintà en el diario El País. En octubre de 1984 el magistrado Ignacio de Lecea tomó declaración a Pujol durante dos horas y media en su residencia oficial de la Casa dels Canonges, trámite en el que también estuvieron presentes el fiscal Carlos Jiménez Villarejo y José María Mena, y los abogados defensores Joan Piqué Vidal y Juan Córdoba Roda.
El juez dio por concluida la instrucción del sumario en mayo de 1986, después de haber recopilado más de 3.000 folios en nueve volúmenes, que se complementaban con cerca de 65.000 folios de documentación. Un mes después, los fiscales Mena y Villarejo presentaban la petición de procesamiento de los 18 exconsejeros del banco, entre ellos Pujol, por presuntos delitos de apropiación indebida, falsedad en documento público y mercantil y maquinación para alterar el precio de las cosas. Sin embargo, en noviembre de 1986, reunido el pleno de la Audiencia de Barcelona para decidir sobre esta petición, 33 magistrados votaron en contra de procesar a Pujol al estimar que no había indicios racionales de criminalidad en su actuación como vicepresidente ejecutivo de Banca Catalana, mientras que 8 jueces se pronunciaron a favor del procesamiento. La instrucción del caso continuó para el resto de acusados, pero en marzo de 1990 la Audiencia de Barcelona decretó el sobreseimiento definitivo del sumario contra los antiguos consejeros al no encontrar indicios suficientes de delito, aunque consideró que se pudo llevar a cabo una gestión imprudente e incluso desastrosa.
En 1988 pasó a formar parte del grupo Banco Bilbao Vizcaya (BBV), desde 2000 Banco Bilbao Vizcaya Argentaria. Ese año el grupo decidió la absorción total de Banca Catalana, eliminando la denominación y todos los signos externos.