El caso Banesto fue una trama de corrupción empresarial en el Banco Español de Crédito que estalló a finales de 1993 y terminó con la condena judicial de los entonces responsables del banco, con su presidente Mario Conde a la cabeza por delitos de estafa y apropiación indebida.
El Banco Español de Crédito (BANESTO) era una entidad financiera que tenía siete millones de clientes, medio millón de accionistas, 15.000 trabajadores y 50 empresas participadas. Mario Conde, que era presidente del banco, había apostado en los años previos a la intervención por una estrategia de crecimiento de la entidad mediante la expansión de los créditos, en un momento en que la morosidad bancaria crecía a un gran ritmo. En 1993, unos meses antes de la intervención, la inspección del Banco de España había detectado un desfase patrimonial cercano a los 2.704 millones de euros (450.000 millones de pesetas). Las autoridades del Banco de España habían intentado negociar un plan de saneamiento. Mario Conde, de forma desesperada, trató de salvar al banco con una ampliación de capital con la entidad estadounidense JP Morgan. El resultado consolidado del grupo Banesto correspondiente a 1993, presentó una pérdidas de 585.150 millones de pesetas (3.517 millones de euros) de los cuales 407.383 millones correspondían al banco matriz.
La existencia de un agujero patrimonial de 3.636 millones de euros (605.000 millones de pesetas) llevó el 28 de diciembre de 1993 al Banco de España a intervenir Banesto y a destituir a todo el consejo de administración, incluido su presidente, Mario Conde. La intervención llevó aparejado el nombramiento de cinco nuevos consejeros procedentes de los principales bancos españoles para que elaboraran un proceso de saneamiento. También se acordó la aprobación de una línea de crédito ilimitada del Banco de España para garantizar los depósitos de los clientes, que habían estado varios días sin poder disponer de su dinero.
Tras la intervención, un equipo de gestores procedentes del BBV, encabezado por Alfredo Sáenz, asumió inicialmente el control del banco y se encargó de ejecutar un plan de saneamiento. El 25 de abril de 1994, el Santander se adjudicó el banco convirtiéndose en el mayor grupo bancario español, al ganar la subasta organizada por el Banco de España; el Banco de Santander ofreció 313.476 millones de pesetas (1.884 millones de euros) lo que significa una oferta de 762 pesetas por acción, frente a las 667 ptas ofrecidas por el BBV y las 566 de Argentaria.
El 31 de marzo de 2001 la Audiencia Nacional con el informe del fiscal Florentino Orti Ponte falla contra Conde y le condenó a 10 años y dos meses por los delitos de estafa y apropiación indebida y obligó a devolver 7.200 millones de pesetas a Banesto. Las defensas recurrieron al Supremo, y Conde evitó la cárcel con una fianza de 500 millones de pesetas.
El 29 de julio de 2002 el Tribunal Supremo aumentó las penas, Conde fue condenado a 20 años de cárcel, que cumpliría inicialmente en la prisión de Alcalá Meco. El ex vicepresidente del banco, Arturo Romaní, fue condenado a una pena de 13 años y ocho meses de prisión. Los otros implicados, Fernando Garro, Pérez Escolar, Jacques Hachuel y Enrique Lasarte fueron condenados a 6, 10, 4 y 4 años de prisión, respectivamente. Además, Conde, Romaní, Garro y Pérez Escolar debían pagar a Banesto 7.200 millones de pesetas (43,27 millones de euros).
En noviembre de 2006, el Comité de Derechos Humanos de la ONU, dictaminó que España había vulnerado el Pacto de Derechos Civiles y Políticos de Nueva York al no disponerse una segunda instancia que pudiera revisar el agravamiento de la condena llevado a cabo por el Tribunal Supremo. El dictamen dejó a salvo la sentencia del Tribunal Supremo contra Conde, al constatar que este tribunal "examinó extensa y detenidamente la valoración de las pruebas", tras analizar más de 170 motivos de casación esgrimidos por la defensa de Conde, en una sentencia de más de 500 folios, rechazando la queja de Conde de que "las pruebas decisivas" para su condena no fueron revisadas.
Ante los problemas que arrastraba el Banco Español de Crédito, que presentaba un agujero patrimonial de alrededor de 450.000 millones de pesetas (2.704 millones de euros), ocasionados por la gestión realizada por Mario Conde y su equipo, el 28 de diciembre de 1993 el Banco de España, cuyo gobernador entonces era Luis Ángel Rojo, intervino la entidad y destituyó a su Consejo de Administración, sustituyéndolo por un nuevo consejo provisional para asegurar la estabilidad y el futuro del banco.
A partir de 1994 Mario Conde tuvo que hacer frente a varios procesos judiciales relacionados con lo que se denominó caso Banesto, que fue considerado el mayor escándalo financiero de los años 1990. En el primero de los casos a los que se enfrentó, en el juicio Argentia-Trust fue condenado en marzo de 1997 a seis años de prisión, de los que cumplió año y medio, por apropiación indebida y falsedad en documento mercantil, por retirar de Banesto 3,6 millones de euros (600 millones de pesetas), que en un primer momento fueron ingresados en una cuenta suiza de la sociedad Argentia Trust; el Tribunal consideró en su sentencia que Conde dispuso de bienes del Banco que le correspondía administrar sin dar ninguna respuesta apropiada y coherente sobre su uso.8 Conde aseguró que parte del dinero se había pagado a Diego Selva y Antonio Navalón, para que, a través de sus contactos, lograran exenciones fiscales para la Corporación Banesto y defendió que no hubo apropiación indebida.
El 31 de marzo de 2001 la Audiencia Nacional le condenó a catorce años por los delitos de estafa y apropiación indebida, por el caso Banesto, y le obliga a devolver 7.200 millones de pesetas a Banesto. Las defensas recurren al Supremo, y Conde evitó la cárcel con una fianza de 500 millones de pesetas. El 29 de julio de 2002 el Tribunal Supremo aumentó las penas, siendo condenado a 20 años de cárcel. Además, Conde, junto a otros directivos del Banco, fue condenado a pagar a Banesto 7.200 millones de pesetas (43,27 millones de euros). Ingresó en la cárcel de Alcalá-Meco, pero no llegó a cumplir ni la mitad de su condena (de 2002 a 2006), tras acogerse a beneficios penitenciarios.7 En 2004 el director de la cárcel fue cesado por el trato de favor dispensado al recluso Mario Conde.
Mario Conde siempre ha mantenido su inocencia, afirmando que tanto la intervención de Banesto como las posteriores resoluciones judiciales fueron influenciadas por voluntades políticas, y argumentando que en el caso Argentia Trust, donde se le condena por la apropiación indebida de seiscientos millones de pesetas, hubo falsos testimonios en el juicio en referencia a Diego Selva y Antonio Navalón. Por tal motivo denunció a ambos, siendo absueltos por el juzgado de lo penal número 11 de Madrid, siguiendo el criterio de la fiscalía.
La Audiencia Nacional recusó durante el proceso judicial la petición de una comisión rogatoria a Suiza, sobre la cuenta 225 del EBC Banking Corporation, para comprobar si Conde había sido el receptor del dinero robado. Más tarde Conde recurriría, con la ayuda del juez de instrucción Emilio Coronado, a la Justicia Suiza, que enviaría, una vez cumplida la sentencia, la documentación al Juzgado de Instrucción número 16 de Madrid. La nueva documentación desvinculaba a Conde de la cuenta, pero el Supremo desestimó el recurso de casación que daba unión al escrito del fiscal suizo Peter Cosandey con el caso Argentia Trust. La fiscalía y los jueces se negaron a revisar la sentencia. Respecto a la condena de 2002, Conde recurrió al Comité de Derechos Humanos de la ONU. En 2005 dicho comité dictaminó que España había vulnerado el derecho a revisión de pena de Mario Conde, por no poder apelar la elevación de condena de 10 a 20 años del Tribunal Supremo y rechazó las quejas del ex banquero de que no habían sido revisadas todas las pruebas.
El 9 de octubre de 2012, durante el transcurso de la campaña electoral autonómica gallega, en la que Conde se presentaba como candidato al Parlamento de Galicia por Sociedad Civil y Democracia (SCD), la Audiencia Nacional, por medio del juez Fernando Grande-Marlaska, ordenó el embargo de cinco fincas situadas en diferentes lugares de España que, según el juez, le pertenecían, en ejecución de la sentencia del año 2000 del Caso Banesto. El ex banquero negó tener relación alguna con dichas fincas, y vinculó los embargos a personas cercanas al PP, en referencia al juez Marlaska.
El 11 abril de 2016 fue nuevamente detenido por la Guardia Civil, debido a una nueva trama de blanqueo de capitales y delitos contra la Hacienda Pública, relacionados con Banesto, y presuntamente cometido a través de un entramado de sociedades extranjeras. La operación, instruída por el juez Pedraz, titular del Juzgado Central de Instrucción número 1 de la Audiencia Nacional, incluía la imputación de los dos hijos del empresario, así como de un yerno.
En 1998 Mario Conde se afilió al Centro Democrático y Social (CDS), siendo cabeza de lista por dicho partido a las elecciones generales de España de 2000 sin que consiguiera representación (con 23.576 votos y un 0,1%), por lo que dimitió la misma noche de las elecciones de todos los cargos que tenía en la formación fundada por Adolfo Suárez.
Posteriormente fue miembro fundador y presidente de Sociedad Civil y Democracia (SCD), partido político que se registró legalmente el 20 de junio de 2011. El 21 de octubre de 2012 se presentó a las elecciones al Parlamento de Galicia, encabezando la candidatura del SCD, pero sin obtener representación con 15.990 votos y un 1,11% de los votos.
El 21 de mayo de 2013 anunció su dimisión como presidente de SCD y el 6 de julio dejó oficialmente el cargo de presidente del Comité Ejecutivo.